Аннотация:
[strong]Цель.[/strong] Оценка параметров диагностической ценности метода петлевой изотермической амплификации ДНК с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени (real-time LAMP, RTLAMP) на модели парвовирусов энтерита плотоядных. [strong]Материалы и методы[/strong]. Образцы фекалий, крови и мазков из прямой кишки разных видов хищных животных с парвовирусным энтеритом (n=39) и здоровых животных (n=31), а также лабораторные штаммы вируса энтерита норок были проанализированы методом RT-LAMP с использованием красителей SYTO-9 и SYTO-82. В качестве референтного метода использовалась ПЦР в режиме реального времени. [strong]Результаты[/strong]. Показано, что метод RT-LAMP на модели парвовирусного энтерита плотоядных обеспечивает высокие показатели аналитической чувствительности (1,5×103 копий ДНК/мл), диагностической чувствительности и специфичности (до 100[%] при оптимальных условиях). Краситель SYTO-82 обеспечивал более высокое отношение сигнал/фон (22,6±2,1), чем краситель SYTO-9 (6,3±1,5) (p0,0000001). Вместе с тем, с красителем SYTO-9 на пределе чувствительности (10 копий ДНК) прирост флуоресценции в реакционной смеси наблюдался на 13 минут раньше, чем для SYTO-82 (23 и 36 минут, соответственно). [strong]Заключение[/strong]. Реакция RT-LAMP является перспективным методом для быстрой и высокочувствительной диагностики инфекционных заболеваний на месте лечения, а также в условиях животноводческих хозяйств или в походно-полевых условиях.
<p><strong>The aim</strong> of the study was to evaluate the diagnostic value of the method of loop-mediated isothermal amplification of DNA with real-time fluorescent detection (real-time LAMP, or RT-LAMP) on the model of carnivore parvoviruses. <strong>Materials and methods</strong>. Samples of feces, blood and swabs from the rectum of different species of predatory animals with parvovirus enteritis (n = 39) and healthy animals (n = 31), as well as laboratory strains of mink enteritis virus, were analyzed by RT-LAMP using SYTO-9 and SYTO-82 dyes. Real-time PCR was used as a reference method.<strong> Results</strong>. In our study, the LAMP method with real-time fluorescence detection (RT-LAMP) in the carnivore parvovirus enteritis model provides high analytical sensitivity (1.5×103 copies of DNA/ml), diagnostic sensitivity and specificity (up to 100[%] under optimal conditions). Comparison of the two intercalating dyes showed that the SYTO-82 dye provides a higher signal-to-background ratio (22.6 ± 2.1) than the SYTO-9 dye (6.3 ± 1.5) (p 0.0000001 ). At the same time, SYTO-9 dye at the sensitivity limit (10 copies of DNA) provides an increase in fluorescence in the reaction mixture 13 minutes earlier than for SYTO-82 (23 and 36 minutes, respectively).<strong> Conclusion</strong>. RT-LAMP is a promising method for rapid and highly sensitive «point-of-care» diagnosis of infectious diseases, as well as in conditions of livestock farms or in field conditions.</p> Петруша О.А. НИИ вакцин и сывороток им. И.И.Мечникова; I.I.Mechnikov Federal Research Institute of Vaccines and Sera, Russian Academy of Science
Черниченко Т.Л. «Биоцентр»
Кофиади И.А. «ДНК-Технология»
Зверев В.В. НИИ вакцин и сывороток им. И.И.Мечникова, Первый московский государственный медицинский университет им. И.М.Сеченова
Файзулоев Е.Б. Евгений Бахтиерович НИИ вакцин и сывороток им. И.И.Мечникова; I.I.Mechnikov Federal Research Institute of Vaccines and Sera, Russian Academy of Science
НИИ вакцин и сывороток им. И.И.Мечникова
I.I.Mechnikov Federal Research Institute of Vaccines and Sera, Russian Academy of Science
«Биоцентр»
Company «Biocenter»
«ДНК-Технология»
Company «DNATechnology»
НИИ вакцин и сывороток им. И.И.Мечникова, Первый московский государственный медицинский университет им. И.М.Сеченова
Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera, Sechenov First Moscow State Medical University
Petrusha O.A.
Chernichenko T.L. Company «Biocenter»
Kofiadi I.A. Company «DNATechnology»
Zverev V.V. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera, Sechenov First Moscow State Medical University
Faizuloev E.В. Evgeny В.
EFFECTIVENESS OF THE LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION WITH FLUORESCENT DETECTION IN THE DIAGNOSIS OF PARVOVIRUS ENTERITIS IN CARNIVORES eng
ЭФФЕКТИВНОСТЬ МЕТОДА ПЕТЛЕВОЙ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИИ С ФЛУОРЕСЦЕНТНОЙ ДЕТЕКЦИЕЙ В ДИАГНОСТИКЕ ПАРВОВИРУСНОГО ЭНТЕРИТА У ПЛОТОЯДНЫХ
Текст визуальный электронный
Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Central Research Institute for Epidemiology
Т. 96, № 1 С. 90-95
2019
слова: диагностика вирусных инфекций
diagnosis of viral infections
петлевая изотермическая амплификация ДНК
loop-mediated isothermal amplification of DNA
LAMP
LAMP
SYTO-9
SYTO-9
SYTO-82
SYTO-82
парвовирус плотоядных
carnivore parvovirus
Статья
[strong]Цель.[/strong] Оценка параметров диагностической ценности метода петлевой изотермической амплификации ДНК с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени (real-time LAMP, RTLAMP) на модели парвовирусов энтерита плотоядных. [strong]Материалы и методы[/strong]. Образцы фекалий, крови и мазков из прямой кишки разных видов хищных животных с парвовирусным энтеритом (n=39) и здоровых животных (n=31), а также лабораторные штаммы вируса энтерита норок были проанализированы методом RT-LAMP с использованием красителей SYTO-9 и SYTO-82. В качестве референтного метода использовалась ПЦР в режиме реального времени. [strong]Результаты[/strong]. Показано, что метод RT-LAMP на модели парвовирусного энтерита плотоядных обеспечивает высокие показатели аналитической чувствительности (1,5×103 копий ДНК/мл), диагностической чувствительности и специфичности (до 100[%] при оптимальных условиях). Краситель SYTO-82 обеспечивал более высокое отношение сигнал/фон (22,6±2,1), чем краситель SYTO-9 (6,3±1,5) (p0,0000001). Вместе с тем, с красителем SYTO-9 на пределе чувствительности (10 копий ДНК) прирост флуоресценции в реакционной смеси наблюдался на 13 минут раньше, чем для SYTO-82 (23 и 36 минут, соответственно). [strong]Заключение[/strong]. Реакция RT-LAMP является перспективным методом для быстрой и высокочувствительной диагностики инфекционных заболеваний на месте лечения, а также в условиях животноводческих хозяйств или в походно-полевых условиях.
<p><strong>The aim</strong> of the study was to evaluate the diagnostic value of the method of loop-mediated isothermal amplification of DNA with real-time fluorescent detection (real-time LAMP, or RT-LAMP) on the model of carnivore parvoviruses. <strong>Materials and methods</strong>. Samples of feces, blood and swabs from the rectum of different species of predatory animals with parvovirus enteritis (n = 39) and healthy animals (n = 31), as well as laboratory strains of mink enteritis virus, were analyzed by RT-LAMP using SYTO-9 and SYTO-82 dyes. Real-time PCR was used as a reference method.<strong> Results</strong>. In our study, the LAMP method with real-time fluorescence detection (RT-LAMP) in the carnivore parvovirus enteritis model provides high analytical sensitivity (1.5×103 copies of DNA/ml), diagnostic sensitivity and specificity (up to 100[%] under optimal conditions). Comparison of the two intercalating dyes showed that the SYTO-82 dye provides a higher signal-to-background ratio (22.6 ± 2.1) than the SYTO-9 dye (6.3 ± 1.5) (p 0.0000001 ). At the same time, SYTO-9 dye at the sensitivity limit (10 copies of DNA) provides an increase in fluorescence in the reaction mixture 13 minutes earlier than for SYTO-82 (23 and 36 minutes, respectively).<strong> Conclusion</strong>. RT-LAMP is a promising method for rapid and highly sensitive «point-of-care» diagnosis of infectious diseases, as well as in conditions of livestock farms or in field conditions.</p>