Аннотация:
Целью работы стало проведение молекулярного докинга гестагенных препаратов и родственных им соединений к рецептору прогестерона человека изоформы А и оценка использования этого метода для поиска высокоактивных прогестинов. С помощью программы Autodock 4.2 был проведен молекулярный докинг прогестерона, а также родственных ему 13 соединений, в разных степенях проявляющие гестагенную/антигестагенную активность (мегестрола ацетат, Амол, бутират Амола, медроксипрогестерон-17-ацетат, левоноргестрел, 6-метил-16,17-циклогексанопрогестерон, 16,17-циклопентанопрогестерон, 16,17-циклогексанопрогестерон, пролигестон, 16,17-циклогекс-3- енопрогестерон, идрогестерон, ифепристон, улипристала ацетат). Расчеты теоретических констант диссоциации комплексов лигандрецептор прогестерона показали, что с помощью программы Autodock 4.2 на ранних этапах исследования можно оценивать вероятность активности того или иного соединения-кандидата, но делать это необходимо с осторожностью, принимая во внимание отсутствие связи констант диссоциации с гестагенной активностью аналогов прогестерона. Кроме того, метод позволяет выявить соединения, которые при взаимодействии с рецептором прогестерона меняют положение его аминокислотных остатков в лиганд-связывающем домене (возможно имеют другой механизм действия), а также вещества, которые не взаимодействуют с агонистической формой рецептора вследствие других причин.
<p>The aim of this study is to carry out the molecular docking of gestagenic preparations and structurally related compounds to the isoform A of human progesterone receptor and to assess the applicability of this method for the active progestins search. Docking was done (using Autodock 4.2) of progesterone and 13 compounds with different gestagenic/antigestagenic activity (megestrol acetate; (3)-3-Hydroxy-6-methyl-20-oxopregna-4,6-dien-17-yl acetate (AMOL); Medroxyprogesterone-17-acetate; Levonorgestrel; Dydrogesterone; RU-486; Ulipristal acetate; (3)-17-Acetoxy-6-methyl-20-oxopregna-4,6-dien-3-yl butyrate; 16,17-Cyclohexanoprogesterone; 6-Methyl-16,17-cyclohexanoprogesterone; Proligestone; 16,17-Cyclopentanoprogesterone; 16,17-Cyclohex-3-enoprogesterone). Calculations of theoretical dissociation constants (Kd) of ligand-progesterone receptor complexes showed that it is possible to evaluate the probability of activity of a candidate compound using the Autodock 4.2 program, but it requires caution, taking into account the lack of the link between Kd and gestagen activity. In addition, the method allows to identify compounds that change the position of amino acid residues in the ligand-binding domain of PR-A after binding (that is possibly have a different mechanism of action), as well as substances that do not interact with the agonistic form of the receptor due to other causes.</p> Петросян М.А. Мария Анатольевна «НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии им. Д.О. Отта»
Белинская Д.А. Дарья Александровна «Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова РАН»
Таборская К.И. Ксения Игоревна «Государственный научно-исследовательский испытательный институт военной медицины» Минобороны России
Шабанов П.Д. Петр Дмитриевич «Институт экспериментальной медицины»; «Санкт-Петербургский государственный университет»
«НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии им. Д.О. Отта»
D.O. Ott Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology
«Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова РАН»
Sechenov Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry of the Russian Academy of Sciences
«Государственный научно-исследовательский испытательный институт военной медицины» Минобороны России
State Scientific-research Taste Institute of Military Medicine of Defense Ministry of the Russian Federation
«Институт экспериментальной медицины»
Institute of Experimental Medicine
«Санкт-Петербургский государственный университет»
St Petersburg University
Petrosyan M.A. Maria A. D.O. Ott Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology
Belinskaia D.A. Daria A. Sechenov Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry of the Russian Academy of Sciences
Taborskaia K.I. Kseniia I. State Scientific-research Taste Institute of Military Medicine of Defense Ministry of the Russian Federation
Shabanov P.D. Institute of Experimental Medicine; St Petersburg University
Method of molecular docking in the design of new progesterone analogues eng
Метод молекулярного докинга в разработке новых аналогов прогестерона
Текст визуальный электронный
Обзоры по клинической фармакологии и лекарственной терапии
Eco-Vector
Т. 17, № 4 С. 65-74
2019
аналоги прогестерона
analogues of progesterone
докинг
docking
рецептор прогестерона
human progesterone receptor
константа диссоциации
dissociation constant
прогестерон
progesterone
мифепристон
mifepristone
левоноргестрел
levonorgestrel
Статья
Целью работы стало проведение молекулярного докинга гестагенных препаратов и родственных им соединений к рецептору прогестерона человека изоформы А и оценка использования этого метода для поиска высокоактивных прогестинов. С помощью программы Autodock 4.2 был проведен молекулярный докинг прогестерона, а также родственных ему 13 соединений, в разных степенях проявляющие гестагенную/антигестагенную активность (мегестрола ацетат, Амол, бутират Амола, медроксипрогестерон-17-ацетат, левоноргестрел, 6-метил-16,17-циклогексанопрогестерон, 16,17-циклопентанопрогестерон, 16,17-циклогексанопрогестерон, пролигестон, 16,17-циклогекс-3- енопрогестерон, идрогестерон, ифепристон, улипристала ацетат). Расчеты теоретических констант диссоциации комплексов лигандрецептор прогестерона показали, что с помощью программы Autodock 4.2 на ранних этапах исследования можно оценивать вероятность активности того или иного соединения-кандидата, но делать это необходимо с осторожностью, принимая во внимание отсутствие связи констант диссоциации с гестагенной активностью аналогов прогестерона. Кроме того, метод позволяет выявить соединения, которые при взаимодействии с рецептором прогестерона меняют положение его аминокислотных остатков в лиганд-связывающем домене (возможно имеют другой механизм действия), а также вещества, которые не взаимодействуют с агонистической формой рецептора вследствие других причин.
<p>The aim of this study is to carry out the molecular docking of gestagenic preparations and structurally related compounds to the isoform A of human progesterone receptor and to assess the applicability of this method for the active progestins search. Docking was done (using Autodock 4.2) of progesterone and 13 compounds with different gestagenic/antigestagenic activity (megestrol acetate; (3)-3-Hydroxy-6-methyl-20-oxopregna-4,6-dien-17-yl acetate (AMOL); Medroxyprogesterone-17-acetate; Levonorgestrel; Dydrogesterone; RU-486; Ulipristal acetate; (3)-17-Acetoxy-6-methyl-20-oxopregna-4,6-dien-3-yl butyrate; 16,17-Cyclohexanoprogesterone; 6-Methyl-16,17-cyclohexanoprogesterone; Proligestone; 16,17-Cyclopentanoprogesterone; 16,17-Cyclohex-3-enoprogesterone). Calculations of theoretical dissociation constants (Kd) of ligand-progesterone receptor complexes showed that it is possible to evaluate the probability of activity of a candidate compound using the Autodock 4.2 program, but it requires caution, taking into account the lack of the link between Kd and gestagen activity. In addition, the method allows to identify compounds that change the position of amino acid residues in the ligand-binding domain of PR-A after binding (that is possibly have a different mechanism of action), as well as substances that do not interact with the agonistic form of the receptor due to other causes.</p>